Estudo genéticos entre diferentes espécies relacionadas evolutivamente, permitem determinar a variabilidade genética e uso posterior para o desenvolvimento de novas cultivares de interesse agronômico. Neste sentido, as espécies Aegilops tauschii e Triticum durum se destacam como reservatório de genes importantes para os programas de melhoramento da Embrapa Trigo. O objetivo do presente estudo foi avaliar a similaridade genética existente entre acessos de Ae. tauschii, T. durum e os híbridos do cruzamento entre as duas espécies. Foram utilizados 14 acessos de Ae. tauschii, cinco de T. durum, e nove dos híbridos obtidos na Embrapa Trigo. Para a obtenção do DNA genômico total, foram coletadas folhas jovens, sendo que a extração foi feita pelo método CTAB, usado como rotina na Embrapa Trigo. A quantificação foi feita em espectrofotômetro e as amostras diluídas para 50 ng/ul. Os ciclos de PCR foram: 3 minutos a 94ºC; 45 vezes de 1 minuto a 94ºC; 1 minuto a 60ºC (temperaturas de anelamento dos primers 50ºC, 55ºC ou 60ºC) e 2 minutos a 72ºC; 10 minutos a 72ºC. Estas reações foram migradas em gel de agarose 2% e visualizadas pelo método de coloração com brometo de etídio. A similaridade genética foi determinada pelo coeficiente de Jaccard e os agrupamentos foram realizados por UPGMA através do programa computacional NTSYS-pc. Para os 15 primers polimórficos obtidos, foi observado no dendrograma três grupos distintos, sendo um grupo formado pelos parentais de Ae. Tauschii, outro pelos parentais de T. durum e o terceiro pelos híbridos. Além disso, detectou-se variabilidade intra-específica em cada grupo, sendo que o coeficiente de maior similaridade foi de 0,92.