O trigo é uma das espécies mais estudadas mundialmente, tanto sob o ponto de vista científico e tecnológico quanto econômico. Os grandes avanços no desenvolvimento de cultivares de alta produtividade são, em parte, resultados da exploração pelo homem dos traços ancestrais das cultivares. A preservação e a expansão do conjunto gênico, isto é, conservação e ampliação da biodiversidade utilizável para os programas de melhoramento, podem ser analisadas por meio do seu papel no desenvolvimento de uma agricultura auto-sustentável (Brammer, 2002).

O trigo de panificação, Triticum aestivum L. é uma espécie alohexaplóide (2n=6X=42, AABBDD), produto da hibridação entre o trigo tetraplóide T. turgidum L. (2n=4X=28, AABB) e a espécie diplóide Aegilops tauschii (= Ae. squarrosa, T. tauschii, 2n=2X=14, DD) (Gupta et al., 2008). Estimativas sobre a similaridade/diversidade genética das espécies afins ou de diferentes espécies domesticadas, através de marcadores moleculares, apresentam-se como uma técnica importante aos programas de melhoramento genético (Pestova et al., 2000; Walsh, 2008), bem como pelo uso de tais espécies para aumentar a variabilidade genética, incorporando genes agronomicamente importantes, cruzando estes com seus parentes silvestres. Nesse sentido, o Aegilops tauschii e o Triticum durum se destacam oferecendo genes de resistência e/ou tolerância a estresses bióticos e abióticos para melhoria genética. O estudo genético destas espécies oferece conhecimento sobre transferência de genes e variabilidade genética para o desenvolvimento de cultivares de interesse agronômico.

Recursos genéticos são conceituados como materiais genéticos portadores de genes que possuem valor real ou potencial, sendo considerados a base para o desenvolvimento de variedades e cultivares. Dentro dos recursos genéticos, um dos principais requisitos de valoração é a diversidade genética presente (Bonow, 2007).

Bered (1999) descreve que existem diferentes formas de caracterizar ou conhecer o germoplasma de uma espécie. Destaca que, através da variabilidade existente, o melhorista pode escolher como genitores de um cruzamento, indivíduos distantes geneticamente, o que contribui para a ampliação da variância genética em populações segregantes.

Contudo, a similaridade/diversidade genética, estimada através da avaliação de caracteres morfológicos, apresenta uma série de limitações, uma vez que se tem a influência do ambiente, não é considerada a similaridade genética total entre os indivíduos, além de haver, em muitos casos, erros de estimativas. Como forma de minimizar tais erros, atualmente emprega-se os marcadores de DNA de modo preciso e eficiente nos diferentes acessos dos bancos de germoplasma, principalmente para o uso posterior desses recursos genéticos em programas de melhoramento. Portanto, o objetivo do presente estudo foi avaliar a similaridade genética existente entre acessos de Ae. tauschii, T. durum e os híbridos do cruzamento entre as duas espécies, por meio de marcadores microssatélites.