O experimento foi realizado no Laboratório de Biotecnologia – área de genética molecular - do Núcleo de Biotecnologia Aplicada a Cereais de Inverno da Embrapa Trigo (Passo Fundo – RS). Foram utilizados 14 acessos de Ae. tauschii, cinco de T. durum e nove de híbridos destes cruzamentos, provenientes do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Trigo (Tabela 1).

Para a extração do DNA genômico foram coletadas folhas jovens obtidas de sementes germinadas em papel germitest. Extraiu-se o DNA pelo método de CTAB, segundo protocolo descrito por Bonato (2008) e utilizado como rotina no Laboratório de Biotecnologia da Embrapa Trigo, sendo que a quantificação foi feita em espectrofotômetro. As amostras de DNA foram diluídas a 50 ng/ul e mantidas a –20ºC até o momento de uso. Foram testados inicialmente 31 primers de microssatélites (Tabela 2).

Os ciclos de PCR foram: 3 minutos a 94ºC; 45 vezes de 1 minuto a 94ºC; 1 minuto a 60ºC (temperaturas de anelamento dos primers 50ºC, 55ºC ou 60ºC) e 2 minutos a 72ºC; 10 minutos a 72ºC. Estas reações foram migradas em gel de agarose 2% e visualizadas com brometo de etídio.

Para a análise da similaridade genética, primeiramente foram construídas matrizes de dados, codificando-se a presença (1) ou ausência (0) das bandas visualizadas nos géis. A ausência de amplificação num indivíduo foi considerada como dado perdido (9). A similaridade genética entre os diferentes acessos foi estimada pelo coeficiente de Jaccard (1901), uma vez que esse índice é utilizado para fenótipos não interpretáveis em nível de locos e alelos por ser próprio para dados do tipo presença/ausência (dados binários). Os acessos foram agrupados usando o UPGMA (Unweighted Pair Group Method Using Arithmetic Averages), desenvolvido por Sokal & Michener (1958) ou método de agrupamento aos pares usando médias não ponderadas, sendo que os acessos foram considerados as unidades taxonômicas operacionais (OTUs) e os caracteres (binários) foram as bandas obtidas por microssatélites. Estas análises foram realizadas com o programa computacional NTSYS-pc - Numerical Taxonomy System of Multivariate Analysis System (Rohlf, 1998).