Plantas daninhas perenes são aquelas que possuem ciclo de vida maior que dois anos. Algumas espécies, durante o inverno, podem perder suas folhas e permanecer com as estruturas (gemas) vegetativas dormentes. Na primavera, retomam crescimento usando as reservas depositadas em seu sistema radicular ou estruturas subterrâneas. Áreas infestadas com plantas daninhas perenes constituem-se em sério problema para os produtores de milho, em razão de sua elevada capacidade reprodutiva e persistência.

A reprodução de plantas daninhas perenes ocorre via sementes, como as plantas daninhas anuais e bianuais, e vegetativamente, por meio de bulbos, tubérculos, rizomas e estolões. O fracionamento destes órgãos multiplica a espécie, pois cada fragmento poderá originar rapidamente nova planta. Assim, as práticas de preparo do solo ou o uso de equipamentos que fracionem essas plantas poderão estar contribuindo para aumentar o número de indivíduos dessas espécies na área.

O estabelecimento de plantas oriundas de partes vegetativas é mais rápido do que aquele de plantas oriundas de sementes, aumentando sua capacidade de causar danos ao milho. As plantas daninhas perenes competem com as culturas produtoras de grãos da mesma forma que as anuais, porém sua capacidade competitiva é maior, devido ao seu crescimento inicial rápido. Desse modo, se essas espécies não forem controladas com eficiência, poderão superar a cultura rapidamente, afetando seu rendimento. Além da competição pelos recursos (água, nutrientes, luz, espaço e CO₂), algumas espécies perenes possuem efeito alelopático sobre culturas produtoras de grãos, aumentando ainda mais a possibilidade de afetar o rendimento. Além disso, indivíduos adultos dessas espécies daninhas são tolerantes a praticamente todos herbicidas seletivos para a cultura de milho.

As principais espécies perenes que constituem problema na cultura de milho são: Sorghum halepense (capim-massambará), Cyperus rotundus (tiririca), Cynodon dactylon (grama-seda), Pennisetum clandestinum (capim-quicuio) e Rumex obtusifolius (língua-de-vaca).

1.1. Controle mecânico

O uso de cultivadores em uma área pode aumentar o número de plantas daninhas perenes, em razão do fracionamento destas. O controle mecânico só terá eficiência sobre plantas perenes, quando usado repetidamente em uma mesma estação, o que induzirá o esgotamento das reservas da planta. Entretanto, esta prática pode não ser totalmente eficiente, e o custo operacional é muito elevado.

1.2. Controle químico

O surgimento dos herbicidas sistêmicos facilitou muito o controle de espécies perenes e tornou o manejo destas, uma prática possível e relativamente de baixo custo.

As espécies de plantas daninhas perenes devem ser controladas quando apresentam pleno desenvolvimento vegetativo, ou seja, quando as plantas estão produzindo e translocando intensamente fotoassimilados.

O agricultor deve buscar controlar as plantas daninhas perenes que estão vegetando na área com herbicidas totais, como glyphosate e sulfosate, antes do preparo de solo ou antes da instalação da cultura produtora de grãos sob sistema plantio direto. Dessa forma, o herbicida será absorvido e translocado por toda planta, atingindo os órgãos subterrâneos, como bulbos, tubérculos e estolões. Já as plantas daninhas perenes jovens, originadas de sementes, são controladas com eficiência por herbicidas aplicados em pós-emergência inicial.

Os herbicidas 2,4-D e bentazon são produtos eficientes para controlar Cyperaceas seletivamente na cultura de milho. A planta daninha capim-massambará, apesar de ser considerada grande problema, pode ser controlada com uso em pré-emergência de herbicidas dinitroanilinas, como pendimethalin (Herbadox) e trifuralin (Premerlin, Trifuralina, Herbiflan, entre outros) ou em pós-emergência com alguns dos herbicidas inibidores da síntese de lipídios como clethodim (Select), sethoxydim (Poast) e fluazifop-P (Fusilade) em lavouras de soja, preparando-se a área para a cultura de milho.

Com o advento das plantas transgênicas e/ou mutantes, será criada a oportunidade de usar herbicidas totais, como glyphosate (Roundup, Glifosato entre outros), glufosinato de amônio (Finale) e imazapyr (Contain, Arsenal), além de suas variações como Onduty (imazapyr + imazapic), este com excelentes resultados no controle de tiririca, controlando seletivamente essa espécie em várias culturas, independentemente se são originadas de órgãos vegetativos ou sementes.

1.3. Controle integrado